Se han identificado 115 especies comerciales en las aguas territoriales de la isla, y el atún ha sido la única explotada hasta el momento. Fuera de la pesca la isla no cuenta con ningún otro recurso natural explotable.

Debido a la forma anular de la isla, su laguna interior se encuentra cerrada desde hace aproximadamente un siglo. El agua de la laguna es ácida y se encuentra estancada. La Roca Clipperton es el punto más elevado con 21 m de altura.

La isla se encontraba cubierta por maleza, con algunas palmeras. Se cree que la maleza de la isla desapareció entre 1858 y 1917. Hipotéticamente, la vegetación de la isla fue diezmada por una tormenta tropical y no fue capaz de regenerarse debido al gran número de cangrejos de tierra. Existe un artículo de 1909 en la Crónica de San Francisco, en el cual se especulaba con la posibilidad de que la vegetación de la isla haya sido arrasada por un tsunami ocasionado por un terremoto.

Después de la introducción de cerdos por parte de los recolectores de guano, la flora de la isla se regeneró debido al gusto que éstos generaron por los cangrejos de tierra. Durante el periodo de asentamiento, la vegetación de la isla se multiplicó con la introducción de especies foráneas, como la palmera cocotera, la cual fue introducida en el último decenio del siglo XIX.

La única vegetación que existe en su superficie son las trece palmeras plantadas por el alemán Gustavo Schultz, quien fuera encargado de la explotación del guano de la isla.

La isla lleva el nombre del pirata inglés John Clipperton, quién en febrero de 1705 la visitó creyendo haberla descubierto. Clipperton era tripulante del navío Saint George, que a cargo del capitán William Dampier, atacaba y saqueaba los galeones españoles en las rutas del Pacífico. Habiendo capturado un pequeño barco en los mares de Costa Rica, lo bautizaron con el nombre de Dragón y Clipperton tomó su mando. La leyenda dice que el pirata usaba la isla como refugio y que en ella escondió un tesoro. En 1708, dos barcos franceses, el Princesse y el Découverte, llegaron a la isla y la nombraron Île de la Passion y la reclamaron en nombre de Francia.

La isla Clipperton fue originalmente descubierta por Fernando de Magallanes en 1521, quien la avistó sin desembarcar en ella. Como España consideraba al Mar del Sur (Océano Pacífico) como un mar propio, la isla fue considerada como perteneciente a sus dominios y pasó a formar entonces parte del territorio español bajo el nombre de Médanos, sin ser ocupada. En 1711 Martin de Chassiron y Michel Du Bocage, capitanes de los barcos franceses La Princesse y La Découverte, la redescubren, llamándola Île de la Passion ("Isla de la Pasión") y reclamándola para la soberanía francesa.

La primera expedición científica tuvo lugar en 1725 por el francés M. Bocage, quien vivió en la isla durante varios meses. El nombre de Isla Clipperton le viene de John Clipperton, un pirata inglés del siglo XIX que se rumoreaba tenía su base temporal de operaciones en esta isla.

Tras la independencia de México en 1821, éste país se consideró como heredero de los derechos de España sobre la isla, por lo que pasó a formar parte del recién nacido país.

Las constituciones mexicanas de 1824 y de 1857, incluyen explícitamente a la isla dentro de su territorio, esta última, modificada posteriormente expresaba: {{cita - El territorio nacional comprende el de las partes integrantes de la Federación y además el de las islas adyacentes en ambos mares. Comprende asimismo, la isla de Guadalupe, las de Revillagigedo y la de la Pasión, situadas en el Océano Pacífico.

La constitución de 1917 retuvo el texto anterior en su artículo 42, pero la isla fue sacada del texto constitucional el 18 de enero de 1934.

La Compañía Minera Estadounidense del Guano, bajo el Acta de las islas de guano de 1856, reclamó la isla para los Estados Unidos, la cual vino a unirse a otras reclamaciones por parte de la Compañía Oceanic Phosphate y de México. El 17 de noviembre de 1858, bajo el gobierno de Napoleón III, Francia a nombre del teniente de navío Victor le Coat de Kerveguen, anexiona la isla Clipperton como parte de Tahití. Sin embargo, esta declaración se pone en duda ya que el acta realizada fue hecha en un barco mercante, jamás pusieron pie en ella y el acta fue enviada a Hawái.

México reafirmó sus reclamos sobre la isla en 1897 ( Segundo Dominio mexicano ) y estableció una guarnición militar en ella. De nueva cuenta, los Estados Unidos se posesionaron de la isla durante la Guerra Hispano-Estadounidense en 1898. Debido a la demanda de guano, el gobierno estadounidense había aprobado una ley que permitía a sus ciudadanos extraer el fertilizante de cualquier isla deshabitada que no perteneciera a ningún país. En 1883, unos promotores de San Francisco que buscaban inversionistas afirmaron que el guano de Clipperton tenía un valor de 50 millones de dólares. Al lograr reunir el capital, enviaron un pequeño grupo de mineros que pronto se dio cuenta de las malas condiciones a las que estaban y de que el guano era de mala calidad.

En 1897, una compañía inglesa compró los derechos de la estadounidense, provocando una gran disputa internacional, pues varios medios estadounidenses aprovecharon la ocasión para decir que Inglaterra se estaba posesionando de una Isla que les pertenecía, y que por su valor económico, era importante. Al enterarse Francia de esta noticia, enviaron un barco, informando a los gobiernos inglés, estadounidense y mexicano de su reclamo sobre la Isla.

El Gral. Porfirio Díaz, rechazó el reclamo francés, y notificó que Clipperton había sido posesión española durante siglos, por lo que México la había heredado al obtener su independencia. Mientras tanto, Ignacio Mariscal, en el Hotel Sáenz, llegaba a un acuerdo con el presidente de la Pacific Island Company para dar a este el derecho de extracción de la Isla durante 20 años.

En 1906, la Compañía Británica de las Islas del Pacífico adquirió los derechos de explotación de los depósitos de guano de la isla y, en conjunto con el gobierno mexicano , construyó un asentamiento minero. Esperando nuevas y mejores ganancias, la compañía inglesa construyó un nuevo muelle y una vía corta de ferrocarril en el atolón, instaló equipo pesado de molienda e hizo traer de San Francisco a mineros italianos, japoneses y de diversas nacionalidades. Durante la época de mayor producción, se encontraban más de 100 hombres trabajando en la Isla de la Pasión.

Bajo las órdenes de Porfirio Díaz ese mismo año se construyó un faro con una lámpara de aceite de 10, 000 bujías y una guarnición militar al comando del Capitán Ramón Arnaud de la marina mexicana. En el periodo 1908-1913, cerca de 100 personas (hombres, mujeres y niños) vivían en la isla. Cada dos meses, un barco proveniente de Acapulco llegaba a la isla con provisiones, puesto que las provisiones de San Francisco ya no pasaban por ahí. Sin embargo, con el estallido de la Revolución mexicana este servicio se suspendió y los habitantes de la isla fueron dejados a su suerte.

En 1908, la Pacific Island Company, cesó sus operaciones en la Isla, siendo incapaz de encontrar mercado para el guano de baja calidad de Clipperton, sólo se dedicó a apilarlo durante años. Al caer los precios internacionales, finalmente la compañía desapareció en 1910.

En enero de 1914, Arnaud volvió a Clipperton después de haberse entrevistado conVictoriano Huerta pidiendo provisiones. Seis semanas después, los revolucionarios capturaron al buque "Tampico", al mando de Hilario Rodríguez Malpica. Ese barco, sería el que llevaba las provisiones del puerto deTopolobampo a los habitantes de la Isla. En la única batalla naval de la Revolución mexicana, el Vicente Guerrero persiguió al Tampico y lo hundió frente a Mazatlán.

Por primera vez escaseaban las provisiones en la Isla, pero los soldados de la guarnición, no sabían que el barco que las transportaba se encontraba en el fondo del mar, ni que la Primera Guerra Mundial había estallado en Europa. El 28 de febrero de 1914, una goleta estadounidense encalló en elarrecife, sin embargo, dado que el barco de provisiones no podría llegar nunca, tres marinos decidieron navegar los 2,200 kilómetros en una balsa hasta Acapulco en busca de ayuda. A pesar de haber logrado la hazaña, ya a nadie le interesaba rescatar a una guarnición huertista en una Isla.

Cuando la Armada de los Estados Unidos supo del naufragio de su goleta, envió a un crucero para rescatar a los supervivientes. Para 1914 la mayoría de los habitantes habían muerto de escorbuto, y los últimos supervivientes deseaban abandonar la isla a bordo del barco de la marina de los Estados Unidos US Cleveland, el cual llegó a la isla en junio de 1914. El barco estadounidense Cleveland llegó a Clipperton tres días después y ofreció a la guarnición mexicana llevarla hasta Acapulco. Para ese entonces sólo quedaban 14 hombres, 6 mujeres y 6 niños.

Sin embargo, se dice que el gobernador militar de la isla declaró que la evacuación no era necesaria, pues aún le quedaban provisiones para 5 meses. Arnaud tenía una razón personal muy poderosa: tenía antecedentes al haber desertado del ejército mexicano años antes, delito por el cual fue arrestado y enjuiciado. Una evacuación hubiera podido interpretarse, por parte de sus superiores como su segunda deserción, así que se quedó a cubrir su puesto en la isla.

Los siguientes tres años se caracterizaron por el hambre y muerte de la guarnición, pues, al agotarse las provisiones, los supervivientes tuvieron que alimentarse de aves, peces y huevos, lo que apenas aseguraba su subsistencia y ponía en riesgo su salud. El atolón tenía apenas 6 palmas que entre todas daban apenas 3 cocos por semana, lo cual no representaba suficiente vitamina C para sostener a una comunidad de 26 personas. Antes de un año, la gente comenzó a morir de escorbuto y desnutrición. En 1915, sepultaron a 15 personas en las arenas del sur de la laguna. El resto, continuó esperando la llegada del barco de México, cosa que nunca pasó.

Como los cocos estaban reservados para las mujeres y los niños, Arnaud y sus hombres comenzaron a delirar y a desesperarse. En septiembre de 1915, Arnaud creyó haber visto un barco, ordenando a sus hombres (excepto al farero) abordar la lancha e intentar llegar a pedir ayuda, sin embargo, la lancha fue volcada por las olas, pereciendo todos ellos. Arnaud murió en su puesto abandonado por las autoridades mexicanas de la época debido a la guerra civil que se vivía entonces.

El 5 de octubre de 1916, el capitán Arnaud muere en un intento fallido de alcanzar a un buque que paso frente a la isla utilizando una canoa, la canoa se hundió con Arnaud y el resto de sus hombres frente a la isla, mientras que la nave siguió su camino.

El guardián del faro, Victoriano Álvarez resultó ser el único hombre que quedaba en la isla, junto con 15 mujeres y niños. Pronto, Álvarez se autoproclamó rey y comenzó una escalada de violaciones y asesinatos, antes de ser él mismo asesinado por una de sus víctimas, Tirza Rendón, una de las niñeras de los hijos del capitán Arnaud y con la ayuda de Alicia Rovira, la esposa del capitán Arnaud. El 18 de julio de 1917, casi inmediatamente después de la muerte de Álvarez, 4 mujeres y 7 niños, los últimos supervivientes, fueron rescatados por el USS Yorktown de la marina estadounidense, comandado por el capitán H. P. Perril.

La posesión de la Isla Clipperton fue disputada entre México y Francia. Esta última se acercó al Vaticano para que éste tomara una decisión sobre la propiedad, en 1930, el Vaticano asignó esta tarea al rey de Italia, Víctor Manuel III, quien finalmente decidió en favor de Francia. Los franceses reconstruyeron el faro y establecieron un puesto militar en la isla, el cual duró sólo 7 años.

A finales de losaños 30, Clipperton fue visitada dos veces por el president eestadounidense Franklin Delano Roosevelt, quien tenía intenciones de apoderarse de la isla para convertirla en una base aérea para sus operaciones en el Océano Pacífico. En1 944 ordenó la ocupación de la isla por parte de la marina comandada por el Almirante Richard Evelyn Byrd, en lo que fue una de las operaciones más secretas de laSegunda Guerra Mundial. En su informe, Byrd sugirió abrir un pasaje en el borde del atolón y dragar la laguna para que atracaran barcos de provisiones de buques cisterna, sin embargo, nunca se realizó tal proyecto.

En 1962, la independencia deArgelia dejó a Francia sin campo para pruebas nucleares. Por este motivo, el Departamento de Defensa de Francia consideró a Clipperton como el sustituto, sin embargo, debido al clima hostil de la isla y a su remota ubicación, se descartó esta posibilidad.

Durante la década de los 70, se exploró la posibilidad de abrir la laguna y desarrollar la bahía como centro turístico y de comercio. En 1981, la Academia de Ciencias para los Territorios de Ultramar sugirió que la isla debería contar con su propia infraestructura, con un aeropuerto y un puerto pesquero en la laguna. Esto implicaría el abrir la laguna creando un pasaje en el atolón. Para esto, un acuerdo fue formado con el Alto Comisionado de la Polinesia Francesa para que el atolón se convirtiera en propiedad del Estado Francés. Sin embargo, tomando en cuenta el costo económico, la distancia y el tamaño del atolón, el proyecto nunca fue llevado a cabo.

Los franceses planeaban convertir a la isla en un basurero nuclear, pero México y los Estados Unidos convencieron a Francia de abandonar sus planes.

La isla ha estado abandonada desde el fin de la Segunda Guerra Mundial y sólo ha sido visitada por pescadores deportivos, patrullas de la marina francesa y pescadores mexicanos de atún y tiburón. En una ocasiónJacques-Yves Cousteau visitó la isla junto a su equipo de buzos y un superviviente de la evacuación de 1917, Ramón Arnaud Rovira, el hijo del Capitan Ramón Arnaud. En 2003, Lance Milbrand permaneció en la isla por 41 días para una expedición de Nacional Geographic, grabando sus aventuras en video.

En 2005, el ecosistema de Clipperton fue extensivamente estudiado durante 4 meses por una expedición científica organizada por Jean-Louis Étienne, con el objeto de hacer un inventario completo de los minerales, vegetales y animales encontrados en la isla.

Clipperton es frecuentemente usada por los franceses para referirse despectivamente a la importancia de los territorios franceses de ultramar.